고등과학원은 기존 제도와 과학연구방법의 주제에 얽메이지 않는 자유로운 연구의 필요성을 인식하고, 각 학문 분야의 사유방법, 연구주제 및 방법 등의 접목이나 새로운 주제와 방법의 생성을 통해서 창의적 연구환경을 조성하고자 초학제연구 프로그램을 개설하였다.

이 프로그램의 목표는 과학연구 지평 확대, 각 학문간의 협력을 통해 새로운 학문적 아젠더 개발, 과학발달의 문화적 배경을 반영한 과학발전의 한국적 모델을 구축하는데 있다.