우분투에서 GROMACS 5.0.2 설치하기

글쓴이 : 이윤호 (고등과학원 연구원), 문의: yunolee1@gmail.com; yunolee1@kias.re.kr

먼저, openmpi 설치를 하신 후, GROMACS 홈페이지에 나와 있는 방법대로 설치하시면 됩니다.
openmpi 설치
http://www.sysads.co.uk/2014/05/install-open-mpi-1-8-ubuntu-14-04-13-10/
http://www.open-mpi.org/

- 다운로드 및 infiniband headers in the standard package libibnetdisc-dev 설치
wget https://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.8/downloads/openmpi-1.8.3.tar.gz
sudo apt-get install libibnetdisc-dev

- 압축풀기 (Decompress the downloaded file)
tar -xvf openmpi-1.8.3.tar.gz
cd openmpi-1.8.3

- 설치 위치 설정하기 (Configure the installation file)
./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"

- 설치 (Install OpenMPI (This path will take time to complete))
make
sudo make install

- 환경적용 (Setup path in Environment Variable)
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"

- 테스트 (Test if install was successful)
mpirun

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GROMACS 홈피에 나와있는 설치순서
http://www.gromacs.org/Documentation/Installation_Instructions

1) Get the latest version of your C and C++ compilers.
2) Check that you have CMake version 2.8.8 or later.
3) Get and unpack the latest version of the GROMACS tarball.
4) Make a separate build directory and change to it.
5) Run cmake with the path to the source as an argument
6) Run make, make check, and make install

설치순서에 따른 command line:
1) sudo apt-get install fftw3 fftw3-dev pkg-config
(참고사이트: http://www.fftw.org/)
2) sudo apt-get install cmake
openmpi installation described in below
3)
tar xfz gromacs-5.0.2.tar.gz
cd gromacs-5.0.2
4)
mkdir build
cd build
5)
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
6)
make -j 12
make -j 12 check
sudo make -j 12 install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

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참고) KISTI에서 일반 계정에다 설치할 경우,

module load compiler/intel-2013 mpi/openmpi-1.8.2 applic/fftw-3.3.4
를 통해 환경변수 적용을 시켜준 후에

cmake를 수행할 때 옵션으로 FFT library dir 및 FFT include dir을 각각 설정하고 개인계정 해당폴더(/home/to/path/gromacs)에다 install 되게 설정하여 설치합니다. 나머진 위 6)번과 동일함.
cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY='/applic/compilers/intel/2013/mpi/openmpi/1.8.2/applib2/FFTW3/3.3.4/single/lib/libfftw3f.so' -DFFTWF_INCLUDE_DIR='/applic/compilers/intel/2013/mpi/openmpi/1.8.2/applib2/FFTW3/3.3.4/single/include' -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/to/path/gromacs/

2014 KSBSB 추계학술대회 Tutorial

Chemoinfomatics 섹션 두번째 강좌 자료 다운로드
해당 튜토리얼은 GROMACS 4.5.x 혹은 4.6.x 에서 사용되는 command line으로 구성되어 있습니다.
5.0.x 버전에서는 gmx 를 앞에 붙인 후 사용하고, genbox 명령어의 경우 gmx solvate 로 바꼈으니 유의하시기 바랍니다.
바뀐 명령어들: http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tool_Changes_for_5.0

강좌에서 사용된 mdp 파일들 다운로드
em1.mdp
pr_NVT.mdp
pr_NPT.mdp
md_NPT.mdp

mdp 옵션들은 튜토리얼용으로 모의실험 진행 시간이 매우 짧게 설정되어 있으니 적절하게 수정하여 사용하시길 바랍니다.
그리고, 해당 mdp 파일들은 GROMACS 개발자 Justin A. Lemkul, Ph. D. 의 튜토리얼에 있는 mdp 파일을 정리한 것입니다.

강좌에서 사용된 command line을 정리한 쉘 스크립트 파일 다운로드
MD.sh
강좌에서 사용된 command line들을 정리한 것입니다. 처음엔 복사 붙여넣기 하여 사용하시다가 익숙해지셨다면,
chmod 755 MD.sh
./MD.sh
위와 같이 MD.sh 파일의 퍼미션을 실행가능하게 바꾸신 후, ./MD.sh로 실행하시면 모든 command를 한꺼번에 수행하는 것이 가능해집니다.

이번 강좌에서 다루지 못했던 Protein-Ligand complex simulation 의 경우, 아래 링크된 튜토리얼을 참고하시어 계속 수행하실 수 있습니다.
http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/complex/index.html